Историческият музей в Самоков е основан през 1930 година по идея на самоковските художници Наум Хаджимладенов, Васил Захариев, Христо Йончев-Крискарец, Павел Францалийски, Слави Генев и Георги Белстойнев.
Самата сграда е била проектирана от архитект Юрдан Юрданов в края на 1930-те години, първата ѝ копка е направена през 1940 година от Богдан Филов, но е завършена едва след края на Втората световна война. От 1943 г. музеят се помещава в днешната си сграда. През 1958 и 1966 година са завършени съответно експозициите посветени на Възраждането и революционните борби в региона.
Понастоящем музеят разполага с фонд от около 30 000 музейни експоната, разделени в етнографска, археологическа, художествено-иконографска, документална и фотографска колекции.
Етнографската сбирка датира най-рано и е дело на основателите на музея като непрекъснато е обновявана през годините. Чрез текстил, носии, накити и занаяти е показан бита и поминъка на старите самоковци.