Казанлъшкият манастир е възникнал в годините 1864 – 1866, със съдействието на Зиновия Ганчева, която изпратила български монахини в Русия, за да съберат средства за изграждането му. С подкрепата на Петербургския митрополит Исидор през 1866г. е завършен строежа на манастирската църква "Въведение Богородично, която е осветена от търновския гръцки владика Атанасий.
По време на Освободителната война (1877-1878), Казанлъшкият манастир е използуван от турците за склад на храна. След Освобождението манастирът се възобновява и разширява чрез изграждане на нови сгради.