Врачешкият манастир е построен по времето на Второто българско царство, след победата на цар Иван Асен II над епирския деспот Теодор Комнин при Клокотница на 9ти март, 1930г. След победата, която се случила в деня, в който се празнуват св. Четиридесет мъченици, цар Иван Асен II решава да построи няколко църкви и манастири в чест на светиите, сред които е и Врачешкия манастир. В началото манастирът е основан като мъжко братство, но по-късно става женски, какъвто остава и до наши дни.
По настоящем (юли 2007г.) манастирът е ограден от висока зидана ограда, а вътре се съблюдава строг ред. По-голямата част от манастирските сгради са реставрирани и в отлично състояние, а останалите, включително и храма, са в процес на реставрация. Поради тази причина гостите на манастира се допускат само до предверието на църквата. Манастирът е изключително красив, за което особено допринася поддържаната му градина и изобилието от цвятя и растителност в целия комплекс. Не би било преувеличено да се каже, че тук могат да се видят истински постожения на градинарското изкуство.