Елешнишкият манастир "Света Богородица" е основан през 16в., като основен вдъхновител и пряк изпълнител за изграждането му е Пимен Зографски от София. По това време манастира е важен книжовен и религиозен център в областта, като от тогава са запазени Четвероевенгелие, Псалтир и др. книжовни паметници, съхранявани в Националния църковен историко-археологически музей в София. През 1793г. Светата обител е разрушена от кърджалиите, но в 1820г. е изграден наново.
По време на Османския период Елешнишкият манастир е книжовно средище, към което има и килийно училище.[1] Запазени са едно Четероевангелие и един Псалтир, съхраняващи се в Националния църковен историко-археологически музей в София.
В манастира се укрива Васил Левски. След разгрома на Ботевата чета в началото на юни 1876 г. някои от оцелелите четници намират подслон в манастира.През първата половина на XIX век е извършено цялостно обновление на Елешнишкия манастир. По време на Втората световна война манастирът не функционира. Сменят се на няколко пъти неговите обитатели. Последователно е мъжки и женски. След 1966 г. манастирът запада. От 1989 г. започва реставрирането на манастира в стария си вид и стил.
Понастоящем Елешнишкият манастир е действащ, но без монашеско братство. Комплексът се състои от църква и жилищни и стопански постройки, които са в много лошо състояние.