Рилският манастир е бил основан през Х век от Иван Рилски и скоро около отшелника се създало малко общество, което в последствие става един от центровете на късната средновековна култура.
През ХI век манастирът запада, но отново прославя своето име по време на Второто българска царство. Опожарен, след това изоставен от монасите по време на превратностите в бурната му съдба, неговото настоящо място, на 119 км на юг от София, е същото където е бил възстановен през ХIV в. от протосеваст Драговол Хрельо, в чийто феодално имение се намира и до днес. В 1335 г. владетелят Хрельо издига пететажна защитна кула, като на горния етаж е бил молитвения дом на Преображението, чийто фрагменти от фрески съществуват и сега.
Към края на ХIV в. манастирът е притежавал обширни горски и полски имоти, а последния български цар Иван Шишман, потвърждава правата му простиращи се върху двадесетина села в околностите. Това царско внимание позволява на манастира да запази своите привилегии, потвърдени със султански фермани.
Все пак, към средата на ХV в светилището е било разрушено и намира отново своето значение по времето, когато са били пренесени тук мощите на св.Ив.Рилски, в 1469 г. от В.Търново, с голямо шествие през цяла България. Българското население участва с голямо патриотично въодушевление по време на това шествие, което отбелязва новото възраждане на Рилския манастир. Това общонародно участие в шествието е било израз на волята за повдигане на националния дух и манастирът става вече малко по малко нов културен център, където се приютяват много книжовници.